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    警視廳內，fbi帶著破解了世界無數迷案的著名偵探l來到了這里，商討如何調查這一系列的離奇死亡事件。l通過一系列的統計計算，斷定這一系列案件的兇手為一人所為，為了找出這個嫌疑人，警視廳成立了特殊部門應對此事。

    而與此同時，夜神月則和向死神炫耀著全世界都在稱贊著基拉的義舉。就在夜神月得意的時候，l卻設下了一張大網，發起了對基拉的挑戰。

    屏幕前，正在發表演說的l的替身突然當眾死亡。就在夜神月以為自己贏得了勝利之時，電視上卻突然出現了l的標志，l用一名死刑犯的姓名判斷出了夜神月位于日本關東地區。并且向夜神月發起了挑戰。

    站在一旁的死神琉克親眼目睹了這一幕，感到有趣的他決定保持中立，想親眼看看基拉和l之間的對決。

    第二天，夜神月的女友專程跑來和他討論基拉的事情，兩人卻因為觀點不同而不歡而散。

    l聰明的用大數定理統計死者的死亡時間，并且根據空白的時間范圍推算出基拉的身份應該是大學生。再次縮小了基拉的身份范圍。在忙碌了一天之后，身為警視廳負責此案最高負責人的夜神總一郎回到了家中，而夜神月則接機向他打聽基拉的事情，最終父親的原則性讓父子不歡而散。而夜神月在滲透進警視廳的資料庫時，發現了l察覺到基拉是大學生的身份，賭氣之下，他便一口氣殺死了24名囚犯。

    不過，夜神月的行為卻也給自己帶來了新的麻煩。l懷疑基拉是警視廳的內部人員，便派出人四處跟蹤，很快，夜神月便發現自己被跟蹤了。

    深夜，夜神月和死神琉克討論著死神之眼的事情。迫切的想要得到死神之眼的夜神月請求琉克得到這個能力，不過卻被要求要拿一半的壽命來換。無奈之下，夜神月只能打消了這個念頭……

    隨著l的調查逐漸深入，夜神月也終于引起了l的懷疑，當月發現自己被跟蹤了之后，他便利用跟蹤自己的fbi施展報復手段，一口氣殺死了數名前來調查自己的fbi探員，經此一役，大部分的調查組成員都退出了小組，只留下六個人繼續調查，而l為了取得大家的信任，也不得不先生。

    聰明的l認定夜神月就是基拉。他派人悄悄地給夜神月的房間裝滿了攝像頭。而與此同時，被月殺死的fbi探員雷的未婚妻也找到了月。在面對如此危急的情形之下，一個有些殘忍的計劃開始逐漸浮現在月的腦海里。

    最終，夜神月利用死亡筆記的規則，殺死了懷疑自己的雷的未婚妻和自己的女友秋野詩織，消除了l的疑心。并且以此為借口要求加入調查組。而影片的最后，偶像明星彌海砂被一個變態尾隨，隨著變態捂著胸口倒在了地上，一本新的死亡筆記掉落在了地面，影片到此結束。
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