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    在回鶻本土，摩尼教信仰依然在高昌王國中盛行，并以此為基地傳播向西域各國，直到14世紀西邊另一宗教的入侵才徹底結束了本地摩尼教的傳承。

    不過這種結束只是明面上的結束，作為秘密教派，這一宗教一直在少數人之間傳承到19世紀，而華夏之前發現的摩尼教編輯繪畫，宗教場所遺跡也基本上出土在這一地區。

    而在中原地區，公元842年，唐朝關閉了荊州，揚州，洪州，越州等地的摩尼教寺院，公元843年，又沒收了長安，洛陽，太原等地的摩尼寺產業，焚毀經書畫像，并在京城處決了72名僧侶。

    當然，這一行動并不只是針對于摩尼教，主要是因為當時在位的唐武宗開始了滅佛運動，順帶打擊了其他所有的外來宗教，比如說景教，拜火教等。

    不過自從這次打擊之后，摩尼教就再也沒有在華夏地區公開傳播過，同時因為那些外國的摩尼教徒隨著回鶻摩尼教團遠去西域，留在中原的摩尼教喪失了與他們的聯系。

    當武宗的滅佛運動打擊到摩尼教的時候，一部分教徒逃亡到了當時藩鎮割據的東南沿海地區，并轉入了地下并借機徹底本土化，以明教的身份重新出現。

    而明教也分成了兩部分，少數的上層僧侶依托于佛道而生存，因為宋朝信奉道教的緣故，他們就稱摩尼是老子的學生，因此作為道教的附庸獲得了宋朝的許可與包容。

    但大部分的明教徒融入了民間，并逐漸與下層民眾的反抗活動結合在一起發揮其追求光明，發揮其追求光明，善良，簡樸，友愛的道德觀念，并宣稱光明必將戰勝黑暗。

    同時，這一宗教還扎根民間，關心民生疾苦，扶危濟困。凡是信仰明教的人吃菜不吃肉，教徒之間某人有事則會相互幫助，甚至還會修橋鋪路，并在信中遇到官司糾紛時提供幫助。

    這一時代的明教已經不像摩尼教那樣悲觀，激進，并基本本土化。同時在偶像崇拜，祭品，葬禮等方面都盡力向佛教和道教靠攏。

    可惜的是，因為這一宗教崇尚光明的教育和在民間巨大的聲望被當時的統治者和士大夫，僧人，道士所不容。他們污蔑明教為魔教，吃菜事魔加以嚴酷鎮壓。

    這么一來，部分教徒就開始走向激進化，比如說方臘起義。再比如南宋時期各種各樣的起義，而當時間到了元朝末年的時候，紅巾軍大起義中更是充滿了明教信徒。
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