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本書后半段的故事主要是主角尋找三圣之心的過程，他在這一部分要找伊瑞奧的原因，是因為伊瑞奧知道怎么進黑圖書館，而在抓走伊瑞奧，并離開后維托遭遇了伊瑞奧的“客戶”
千瘡之子的阿里曼，他與伊瑞奧達成了交易，他以龐大的代價從伊瑞奧手中買下黑圖書館中，據(jù)說可以將他的兄弟們，重新變回有意識狀態(tài)的知識，阿里曼跳幫上船，要抓走伊瑞奧，但在此之前，維托為了掌握主動權(quán)，用最極端的方式，他利用莉莉絲埋在自己靈魂中的碎片，自己運用了色孽之力，吞噬了伊瑞奧的靈魂。
他得知了進入黑圖書館的方式，并且讓阿里曼只能與自己合作，維托承諾幫助阿里曼，但前提是，他要幫自己先干一件事，打又打不過，別無選擇阿里曼只能同意。
維托前往了科摩羅，協(xié)助瑪勒絲策劃一場針對維克特的政變，在此期間主角偶遇了可汗，他也來給暗精找茬所以相遇了，之后他們一起參與了科摩羅政變。
可汗帶領(lǐng)白疤突然闖入，導致混亂，并讓科茲用神瘟徹底殺死維克特，阿里曼也受到召喚前來，但令人意想不到的，馬格努斯既然也一起來了，他們與可汗聯(lián)手，殺光了血伶人協(xié)會的血伶人們。
馬格努斯用自己的強大靈能徹底殺死了他們，讓血伶人們無法復活，幫助維托完成了政變，但又被刺瑪勒絲，導致她無法穩(wěn)定局面，又因為沒了血伶人，沒人可以在復活，黑暗靈族之間的矛盾徹底爆發(fā)，陷入長時間的內(nèi)戰(zhàn)與混亂，從而無法威脅帝國。
主角后來會在維克特的宮殿里，找到前往黑圖書館的道路，并找到小丑，得知要得知三圣之心是什么，在黑圖書館中，主角遭遇了第二軍團的基因原體，已死的哈里法斯，第二軍團是波斯風格的軍團，和千子差不多，崇尚知識，也導致他們觸碰到了帝皇不允許的禁忌。
在這里，揭曉了第二軍團被消滅的原因，哈里法斯在大遠征期間獲知了原體計劃的真相，所有的原體都有這一部分亞空間的存在，就和書前半部分說的一樣，這導致他們天然就極有可能被混沌污染，如雷霆戰(zhàn)士一樣，而帝皇知道，但還是創(chuàng)造了他們，并會在他們可能不可避免時空時殺了他們。
哈里法斯震驚不已，并發(fā)現(xiàn)帝皇為了掩蓋這個謊言，殺死了所有喜馬拉雅山基因?qū)嶒炇矣媱澋某蓡T，以及所有知道混沌秘密的永生者，除了維托，他想要將其真相告訴他的兄弟們，但卻被帝皇發(fā)現(xiàn)，派遣黎曼魯斯和維托將其殺死。
最終是維托砍下了他的頭，兩人見面意味深長，最終哈里法斯告訴了維托他的靈魂在死后，被小丑帶走了具體原因，將其囚禁在了黑圖書館里，作為守護靈存在，小丑說是為了一場游戲，哈里法斯告訴了維托，要摧毀混沌并非不可能，在黑圖書館的漫長歲月中，哈里法斯發(fā)現(xiàn)了混沌雖然的能量體，但在漫長的信仰崇拜，以及神格化后，其實已經(jīng)擁有了一個核心，也就是神格。
摧毀神格，就可以摧毀混沌諸神，雖然可能無法避免新的神明在漫長的歲月后誕生，但可以摧毀現(xiàn)在的這些，爭取時間與和平。
帶著這個重要的秘密，維托又得知，要找到三圣之心就必須去找伊莎，維托出來后后來與馬格努斯長談了一番，馬格努斯表示，他要背叛奸奇，這沒什么奇怪的，畢竟奸奇的信徒們嘛，不互相被刺還算奸奇信徒嗎？
而不為維托所知的，在之前，小丑偷偷的找到了馬格努斯，在科摩羅的廢墟中告訴了他當年的真相，奸奇是如何利用他，以及現(xiàn)如今掌握了他一半靈魂，他從未獲得過自由的命運，他自始至終，都是個玩偶。
這激怒了馬格努斯，也讓他下定決心，這一次，他會掌握自己的命運，無論是從帝皇手中，還是奸奇那兒，所以馬格努斯與維托達成了秘密的盟約，而維托也如愿以償?shù)?，幫助了阿里曼復蘇了他的兄弟們，至此千瘡之子加入元帥的隊伍。
隨后主角前往了納垢魔域，與納垢達成合作，后者不在進攻帝國并與主角締結(jié)不情不愿的盟約，在此時刻主角離間了莫塔里安與納垢的關(guān)系，隨后在納垢魔域的正中央，想辦法開啟了一扇通往其余三個神領(lǐng)域的大門，導致亞空間大混戰(zhàn)。
主角將手中的神瘟子彈交給了莫塔里安，讓他自己決定，是要真正掌握自己的命運，還是當一個提線木偶，無論是帝皇的還是納垢的。
趁機救出了伊莎，并從她口中得知了三圣之心是古圣打造的圣器，其可以吸收與平衡實體宇宙，與亞空間之間的波濤，類似于中古大漩渦，它可以將帝皇的靈魂吸入其中，并囚禁于此不斷地虛弱，禁錮住帝皇無法死去成神，并讓主角有機會徹底擊敗他。
伊莎在告訴主角，要找到三圣之心的位置，首先要找到定位器后來就離開，前去統(tǒng)合如今破碎的方舟靈族，主角繼續(xù)踏上冒險之旅，并在一系列的探險與走訪后得知，定位器被珞珈拿著，隨后主角計劃前往珞珈處，奪來圣器。
在前往珞珈的星球時，主角找到了鴉王，并與他，可汗以及科茲一起攻入珞珈的神殿，在這里搶奪了定位器，珞珈與主角對戰(zhàn)時遭到了艾瑞巴斯的被刺，他背叛了自己的原體，奪走了他的神格與力量，并獻祭了他的全部懷言者兄弟，飛升成神。
在瀕死前，珞珈回憶了自己的過去表示自己不后悔背叛帝皇，但他很后悔讓維托走到如今的這般田地，最終，珞珈燃燒了最后的靈魂，開啟了逃生的通道讓大家逃走，鴉王也在這一刻原諒了珞珈。
鴉王表示，他已經(jīng)再給子嗣們的信中寫過，永不歸還，他自愿留下犧牲，擋住了艾瑞巴斯并犧牲自己殺了艾瑞巴斯，于此，鴉王歸回了他的黑夜，珞珈也終于迎來了真正平靜。
離開珞珈的信仰之城后，維托發(fā)現(xiàn)定位器上的星圖人類，甚至靈族都完全無法理解，他選擇了求助天堂之戰(zhàn)的最后遺民，太空死靈們，維托找到了塔拉辛，并與他一起前往了死靈議會，在那里使用璀璨星圖來解析定位器，這項誕生自天堂之戰(zhàn)的古老儀器，最終破解了三圣之心的位置。
但就在此時，死靈會議上突然早已離去多年的寂靜王歸來，他一直在旁聽觀察著銀河的命運，三圣之心將有機會讓太空死靈贏得這場千萬年戰(zhàn)爭的最終勝利，實現(xiàn)太空死靈們的最終崛起。
寂靜王打算搶走定位器，并與主角爆發(fā)了沖突，隨后將維托囚禁，隨后在塔拉辛的秘密幫助下逃離，但維托知道，逃走也沒有意義，寂靜王會為了奪走定位器而追殺他，這一次太空死靈的各個互相敵對的王朝會團結(jié)一心，在擁有統(tǒng)御協(xié)議的寂靜王帶領(lǐng)下，發(fā)動一場對帝國的龐大攻勢。
而現(xiàn)在，帝國無法承受，并且為了準備后來面對帝皇，也不能在起戰(zhàn)端，所以主角決定在這里徹底解決問題，他瞅準了統(tǒng)御協(xié)議，既然寂靜王可以用它來控制死靈們，那自己也可以。
令人意想不到的是，塔拉辛決定幫助主角，他說自己與其期待一個被寂靜王統(tǒng)治的死寂宇宙，盼望著一片根本沒有希望的未來，與那些只剩下軀殼的同胞為伍，不如站在生者的這一邊，再者說，他很期待他們未來上演的故事。
所以塔拉辛幫助主角，一起潛入了寂靜王的王庭，在那里與寂靜王爆發(fā)了決戰(zhàn)，寂靜王依靠星神之力與主角打的難解難分，最終，塔拉辛說服了在場的奧里坎，兩人決定一同站在希望的這一邊。
奧里坎設法將星神碎片融合在了一起，讓重生的星神脫離了寂靜王的掌握，星神期待了萬年的，對自己背叛者的復仇者開始了，重新凝聚的星神與寂靜王打做一團，并雙雙最終湮滅。
主角在塔拉辛與奧里坎的簇擁下，手持統(tǒng)御協(xié)議登上了死靈的王座，臺下所有的死靈霸主與法皇向維托下跪臣服，由此，維托加冕成為“萬王之王”所有霸王與法皇的統(tǒng)治者，死靈正式加入了維托的大軍。
維托讓塔拉辛與奧里坎準備最終的戰(zhàn)爭，隨后便乘坐著寂靜王的長船前往了系外黑暗，因為根據(jù)定位器的顯示，三圣之心既然在系外。
維托駕駛著長船，與海倫一起深入了系外的黑暗，并在宇宙的最深處發(fā)現(xiàn)了三圣之心的所在地，一座巨大的人造星球，它周圍圍繞著一圈環(huán)帶，但那不是鋼鐵或者任何物質(zhì)，而是泰倫吞噬者組成的龐大環(huán)帶。
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