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    數碼獸生息的世界就是「數碼世界」，由神秘的主計算機「世界樹」管理著整個世界。

    然而數碼獸們的數據量巨大化程度超過了世界樹的預測，包含數碼世界在內的全宇宙規模的大爆炸「數碼危機(digitalhazard)」迫在眉睫。再這樣下去數碼世界將面臨崩潰。

    數碼獸的特征在于「進化」，他們會一口氣讓數據量肥大化并進化。讓后再通過網絡從數碼世界外部流入信息，因此進行不規則進化的情況非常多。

    為了回避這場危機，世界樹決定舍棄“舊數碼世界”，重啟“新數碼世界”，也就是破而后立。

    于是為了刪除對于新世界無用的數碼獸，執行了數碼獸刪除程序「x程序（xprogram）」。

    這個計劃被稱為「方舟計劃」，內容是將超負荷的數碼獸全部一掃而光，只將世界樹認為有必要的皇家騎士和研究對象保留。

    只要是助于數碼世界發展的，為此犧牲絕大多數數碼獸的生命也無所謂——世界樹秉承著的就是這么看起來冷血無情的理性思維，更何況導致數碼世界過載的正是數碼獸本身，為此進行刪減，就和人因為電腦的卡頓清除垃圾數據一樣，是無可厚非的。

    就這樣，主計算機世界樹放出的「x程序」“刪除”了數碼世界全域的數碼獸，并侵蝕破壞了數碼世界那“豐富”的環境。

    然而……

    一些遭遇感染的數碼獸（大體是自身強大的數碼獸）頑強的生存了下來，數碼核竟然自己攝取x程序并讓構造脫胎換骨，然后誕生出對抗攝取的x程序的「抗體」并納入到了數碼核內部。

    x抗體會對數碼核直接造成影響，并具有高度導出數碼核內信息的能力。因此，就能夠發揮潛在能力級別而言，過去的數碼獸完全不能與之相提并論。

    另外，受其影響，外形也發生了脫胎換骨般的變化。

    這是由數碼獸拼命想要生存下來的意志，得以產生的進化，也就是x進化。

    不過x程序終究是用來殺死數碼獸，重啟數碼世界的，能存活下來的數碼獸實在是少數，畢竟，能產生x抗體的基本都是強者，而強者，注定是少數人。

    所以很快，就有承受不住x程序壓力的數碼獸，開始對實力較弱的x抗體擁有者下手，而殺死它的數碼獸發現，吸收了擁有x抗體的數碼獸的資料后，它居然也擁有了x抗體。

    換而言之，x抗體是可以通過殺死對方來搶奪的。

    然而數碼核內的x抗體持續感染x程序的話會消失?？謶炙劳?互相爭奪能使自己變強的「x抗體」的弱肉強食的世界來臨了。

    再次幸存下來的數碼獸們一個個地逃向了x程序觸及不到的「new數碼世界」……

    不過世界樹的應對也很簡單——派出對自己效忠的數碼世界保護神【皇家騎士團】進行二次清理。

    所調動的成員，是這三位。

    奧米加獸、紅蓮騎士獸（公爵獸）、金甲龍獸。

    其余的皇家騎士，要么缺席，要么有其他的要務處理，要么還出于休眠的狀態，無法行動。

    為了主人世界樹的命令，皇家騎士的“正義”，這三位皇家騎士，開始了各自的行動。

    由此，數碼世界正式進入逃與殺的混亂時代中。