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    雍正時期，編青海蒙古為二十七旗，后增至二十九旗，由西寧辦事大臣主持會盟。黃河以南主要為藏人，設有四十個土司，其中以玉樹土司最大，故稱玉樹等四十族土司。

    青海地處回、藏之間，地理位置絕佳，足以鉗制回、藏。正因為如此，青海設省理所應當。特設巡撫一名，由西寧辦事大臣改任，同樣推行郡縣制。

    西藏在清代分為衛、喀木（康）、藏、阿里四部，以及霍爾三十九族地區。地方最高行政長官為駐藏大臣，駐拉薩，會同**喇嘛、班禪額爾德尼辦理藏內政務，其政令由噶廈（西藏官府）執行。

    那曲、昌都地區北部的各部落統稱霍爾三十九族，簡稱三十九族，為蒙古人后裔，由駐藏大臣的屬員夷情章京管轄。

    西藏地位特殊，暫不設置行省，仍由駐藏大臣辦理政務。其中，涉外、邊防事務，權力仍歸清廷。

    有清一代，蒙古是滿人的重要盟友，在明清戰爭中發揮了重要作用。蒙古各部參照滿洲八旗，劃分為蒙古八旗，受到清廷的優待，對清朝頗為忠心。

    蒙古分為內屬蒙古與外藩蒙古。

    內屬蒙古包括察哈爾、歸化城土默特、唐努烏梁海、阿爾泰烏梁海等部，各旗由朝廷派遣官員（一般為總管）治理，與內地的州、縣無異。

    外藩蒙古各旗則由當地的世襲扎薩克管理，處於半自治狀態。在外藩蒙古，以若干旗合為一盟，設正、副盟長，掌管會盟事宜，對各旗札薩克進行監管。

    清朝歷來都很重視蒙古，長期與蒙古聯姻，得到蒙古的效忠。在平定準噶爾部落的反叛后，蒙古各部己經絕意反叛。乾隆時期，土爾扈特部落跋涉萬里，從沙俄東歸中國，受到清朝的禮遇。

    鑒于這種緊密的聯盟關系，咸豐決定繼續保持蒙古的特殊地位，不在蒙古設置行省。

    東北是清朝龍興之地，清廷實行封禁政策，禁止漢人出關移民墾殖。關外為皇家禁地，自成體系。

    一方面是八旗駐防系統，以盛京為陪都，設盛京將軍為最高軍政長官，置戶、禮、兵、刑、工五部，各設侍郎主持，并在吉林、黑龍江設駐防將軍。將軍之下，設專城副都統分駐各城，并管理各城的臨近地區。
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