與姐姐獨(dú)孤琴相比，獨(dú)孤軒軒和萬清源的相處的時(shí)間要長的多，姐姐獨(dú)孤琴和萬清源也就在一起相處了三年的時(shí)間，自己則和萬清源在一起相處了有近二十年，并且是從小就在一起，所以對于萬清源的一切，獨(dú)孤軒軒是非常清楚地。

    萬清源對自己非常體貼照顧，對江南祁府也是和他的父親大管家萬程一樣的忠心，獨(dú)孤軒軒知道萬清源對自己的好處，也知道萬清源雖然說不多，但是心地是善良的，如果一定要找出一些毛病的話，那就是獨(dú)孤軒軒知道在萬清源的心底藏著一個(gè)秘密，那就是萬清源對于自己的出生身份似乎有些感到卑微，以至于在和自己相處的時(shí)候，有一種潛在的壓抑感，盡管獨(dú)孤軒軒一直都將萬清源想自己的大哥哥一樣對待。

    但是獨(dú)孤軒軒還是能夠感覺到萬清源的這種情緒，雖然時(shí)有時(shí)無，但是卻一直都存在著，并且隨著年齡的增長這種感覺隨之日益增加，只是萬清源將這種情緒隱藏得非常之深而已。

    之所以獨(dú)孤軒軒能夠感受到萬清源的這種感覺，還是萬清源自己本人無意之間從言談之中流露出來的，也是在一次與獨(dú)孤軒軒談話過程中，萬清源說話說露了嘴，獨(dú)孤軒軒本就是一位機(jī)敏過人的大小姐，雖然萬清源只是說出一句話，但是在當(dāng)時(shí)的情況下，獨(dú)孤軒軒還是被震動到了。

    在獨(dú)孤軒軒的記憶當(dāng)中，萬清源無意之間的表露應(yīng)該只有那么一次，此后便再也沒有第二次表露，萬清源又將自己的真實(shí)想法深深地掩藏在內(nèi)心深處。

    其實(shí)萬清源的這種掩藏，讓獨(dú)孤軒軒對萬清源的感覺似乎起到了微微的變化，獨(dú)孤軒軒知道萬清源對自己非常的好，但是萬清源這種掩藏自己內(nèi)心想法的做法，讓獨(dú)孤軒軒感到有些疑惑，僅從這一點(diǎn)上分析，萬清源的內(nèi)心所想絕對可以證明萬清源是一位頗有城府的人，更可以證明萬清源是一位有著自己思考問題的獨(dú)立視角的人。

    后來因?yàn)楠?dú)孤軒軒的年齡漸漸長大，江南祁府的主人祁初夫婦便將獨(dú)孤軒軒的身世告訴了獨(dú)孤軒軒，并且將獨(dú)孤慶天留下的東西交付于獨(dú)孤軒軒，這其中便有一本獨(dú)孤劍法的劍譜。

    獨(dú)孤軒軒在知道自己的真實(shí)身世之后，性情大變，不久就離家出走，對于這種結(jié)果，是斷魂刀祁初夫婦所沒有想到的，祁初夫婦這些年來，已經(jīng)將所有的親情都傾注到獨(dú)孤軒軒的身上，早已經(jīng)將獨(dú)孤軒軒視于自己的親身孩子一般，獨(dú)孤軒軒也深深地知道祁初夫婦對自己的愛是真心的。

    但是獨(dú)孤軒軒一時(shí)無法接受自己真正身世的突然明了，從感情上無法理解這一點(diǎn)，一直對自己疼愛的祁初夫婦突然之間就變得與自己沒有任何血緣關(guān)系，而自己都不認(rèn)識的獨(dú)孤慶天卻莫名其妙地變成了自己的父親，還突然冒出一位姐姐，這種沖擊力是一種絕對震撼的具有破壞力的力量，正是這種力量將獨(dú)孤軒軒打擊得有些頭暈眼花，思緒混亂。

    看到獨(dú)孤軒軒如此表現(xiàn)，后來竟然悄悄離家出走，這一切都是因?yàn)楦嬖V了獨(dú)孤軒軒的身世之謎，祁初夫婦不免后悔萬分，早知道這樣，只要不告訴獨(dú)孤軒軒真實(shí)情況不就行了。

    可是斷魂刀祁初始終覺得獨(dú)孤軒軒已經(jīng)長大成人，應(yīng)該有權(quán)利知道自己的真實(shí)身世，如果一直隱瞞，這才是對獨(dú)孤軒軒的最大傷害。

    獨(dú)孤軒軒離家出走之后，斷魂刀祁初夫婦派人到處尋找獨(dú)孤軒軒的下落，結(jié)果是杳無音訊，慢慢地等到過了一些時(shí)日，獨(dú)孤軒軒自己終于回來了，但是整個(gè)人的心境和性格也都變得和以前不太一樣。

    斷魂刀祁初夫婦只當(dāng)是獨(dú)孤軒軒受到打擊，變得如此模樣，希望再過一段時(shí)間便會好起來。可是后來獨(dú)孤軒軒的閨房無辜失了一場大火，至此之后，獨(dú)孤軒軒與以前相比恍若兩人。

    斷魂刀祁初夫婦只當(dāng)是獨(dú)孤軒軒受到驚嚇，再加上之前身世的打擊，才變成這樣，殊不知大火之后的獨(dú)孤軒軒已經(jīng)是冒名頂替的獨(dú)孤琴。

    只有獨(dú)孤軒軒和獨(dú)孤無壽知道，離家出走之后的獨(dú)孤軒軒是去尋找獨(dú)孤圣教，經(jīng)過千辛萬苦之后見到了冒名頂替獨(dú)孤慶天的獨(dú)孤教主獨(dú)孤無壽，獨(dú)孤軒軒拆穿了獨(dú)孤無壽的真面目，獨(dú)孤無壽苦于武功和心機(jī)都不如獨(dú)孤軒軒，此時(shí)的獨(dú)孤軒軒的斷魂劍已經(jīng)初具規(guī)模，再加上一笑山莊少莊主秦小癡前來江南祁府傳授一笑劍法，所以獨(dú)孤軒軒的劍法突飛猛進(jìn)，不可同日而語。

    獨(dú)孤無壽怎能是獨(dú)孤軒軒的對手，獨(dú)孤軒軒在制服獨(dú)孤無壽之后，便自己將自己立為獨(dú)孤圣教的圣女，這樣一來，獨(dú)孤軒軒便凌駕于獨(dú)孤無壽之上，因?yàn)楠?dú)孤無壽本身就是一位冒牌的教主，只是獨(dú)孤軒軒沒有揭露而已，想著只要獨(dú)孤軒軒不揭露自己的真實(shí)面目，什么要求也都答應(yīng)，反正獨(dú)孤無壽知道自己的武功與獨(dú)孤軒軒相差太大，也沒有什么資本來進(jìn)行討價(jià)還價(jià)。便只好任命。

    獨(dú)孤軒軒并沒有想要當(dāng)獨(dú)孤教主的想法，只是覺得獨(dú)孤圣教本是自己的父親獨(dú)孤慶天所創(chuàng)，如今竟然落到叔叔獨(dú)孤無壽的手里，此時(shí)獨(dú)孤軒軒并不知道父親獨(dú)孤慶天乃是被自己的這位叔叔獨(dú)孤無壽所害，想著自己當(dāng)上圣女，只要獨(dú)孤圣教出現(xiàn)異常情況，獨(dú)孤軒軒便可以立即出手掌控大局，如此一來，也不至于讓獨(dú)孤圣教沒落。

    后來，獨(dú)孤軒軒得知父親獨(dú)孤慶天被叔叔獨(dú)孤無壽囚禁在龍門山日光巖的山洞之中。只是當(dāng)時(shí)心中怨憤，便認(rèn)為父親獨(dú)孤慶天這是惡有惡報(bào)的結(jié)果，也就沒有放在心上，任由叔叔獨(dú)孤無壽自己做主。

    獨(dú)孤軒軒知道叔叔獨(dú)孤無壽對自己是處于一直防范的狀態(tài)，但是因?yàn)槭亲约旱氖窒聰ⅲ植荒懿环淖约骸Ｖ劣诤竺妾?dú)孤無壽在暗中培植忠于自己的勢力，獨(dú)孤軒軒是有所知道的，只是有些看不起的緣故。