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身為島國四大財閥之一的三船財閥的次女，三船琹子的人生并非一帆風順，甚至可以說，她的出生與死亡就只差一線之隔。
三船琹子出生的時候由于基因缺陷，導致她一出生就徘徊在生死邊緣。
盡管三船財閥用盡了所有資源去治療這位二小姐，但三船琹子的情況卻一直都未見好轉。
無可奈何下，三船琹子的父親只好去求助，當時從神州而來，在島國附近建設了實驗室的月奈何博士。
月奈何博士當時正積極研究調整嬰兒的基因，來使得嬰兒的各種遺傳病得到治愈。
而三船琹子，成為了月奈何博士的第九十九位實驗品，只不過，月奈何不太喜歡實驗品這個稱號，把前來調整的嬰兒都換成了叫月奈何博士實驗第xx期生。
三船琹子也在這種情況下，成為了月奈何博士實驗第九十九期生。
在月奈何博士的研究下，他發現三船琹子的情況已經不是單單的基因缺憾，而是有著更玄幻成分的命元不足。
在征求了三船琹子的父母的同意后，月奈何博士兵行險著，以他從圣翔遺址中找尋到的，大場奈奈的數滴血液，輔以各種藥物，一同注入到三船琹子的身體中。
在大場奈奈那蘊含了特殊時間能力的血液的沖擊下，三船琹子順利地渡過了必死的命關。
后來，三船琹子一直跟在月奈何博士身邊學習，學習了另一個世界中，想逆轉時間，救回自己徒弟的王重陽的《先天功》。
擁有了大場奈奈的時間天賦的三船琹子，對于《先天功》這類時間類的功法，有著極高的天賦，不到數年，就在《先天功》的理解和運用上超越了月奈何。
在跟隨月奈何學習期間，三船琹子也見證了月奈何自稱最強生徒的江厘的誕生。
直到月奈何博士消失前，三船琹子都和江厘一同生活，三船琹子也常常被江厘各種奇思妙想所折服，甘拜下風。
在月奈何博士神秘消失后不久，江厘也告別了三船琹子，戴上那被他命名為半邊神的臉具，消失在三船琹子的臉前。
從月奈何實驗室回到了島國后，三船琹子在三船家族的安排下，順利地到虹之咲學園中就讀。
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